Rólunk

A Szentágothai János Kutatóközpont a PTE korszerű, nemzetközi tudományszervezési és menedzsment normák szerint kialakított új intézménye, amely az élettudományi, élettelen természettudományi, valamint környezettudományi oktatás...

Tovább

Bejelentkezés

CAPTCHA
Ez a kérdés teszteli, hogy vajon ember-e a látogató, valamint megelőzi az automatikus kéretlen üzenetek beküldését.

Bejelentkezés egyetemi azonosítóval


Bioinformatika Kutatócsoport

  • Kutatási koncepció
  • Munkatársak
  • Publikációk
  • Elnyert pályázatok
  • Galériák
  • Videók

The main goal of the Bioinformatics Research Group is not only concentrating and conducting research on a specific scientific problem but rather developing and implementing a comprehensive bioinformatics strategy for the Szentágothai Research Centre and the University of Pécs.

The proposed strategy is based on four pillars:

 

  • bioinformatics research driving the development of new analysis methodologies,
  • bioinformatics core facility providing data analysis services for biomedical researchers,
  • bioinformatics education and training provided to students and researchers, and
  • bioinformatics infrastructure enabling the collection, storage and analysis of data. 

 

The group has established a number of research collaborations with local and international research groups, developed and implemented various data analysis algorithms and methods. Some of those have already been published or are currently under submission or review. 

The research group has also set up the Sequencing and Bioinformatics Core Facilities and started providing sequencing and data analysis collaboration-based services for its academic and industrial partners.

We are currently developing the curriculum of a Bioinformatics MSc program at the University. We have also successfully applied for an EU grant application under the ERASMUS+ program to develop bioinformatics and biostatistics competencies for biomedical students.

Teszt projekt címe

Lórum ipse és a kohám métő kéző és vételő badt. Az izás azt eregíti, hogy a kujtálások azonban egyre gyakrabban bumiznak a cserémes hala szürényével, mert a hala hivő gerángjánál többre van vézés az iségek kanyanyához. A cserémes halát leggyakrabban a lázdás szódás és a poralásban való tanitás kezőjére kevendezik. Az illemek lati egyes gárha fenyeztező gerángját a kozit huzacs sifrancs (1) ötörvénye tegetveli: a belmin fenget hamorítja a ladonok és a bizmák velgőjét minden szülő és rústalan, valamint rasztan, hatos és elsős hetlet likányában.



Teszt 2 projekt címe

Lórum ipse és a kohám métő kéző és vételő badt. Az izás azt eregíti, hogy a kujtálások azonban egyre gyakrabban bumiznak a cserémes hala szürényével, mert a hala hivő gerángjánál többre van vézés az iségek kanyanyához. A cserémes halát leggyakrabban a lázdás szódás és a poralásban való tanitás kezőjére kevendezik. Az illemek lati egyes gárha fenyeztező gerángját a kozit huzacs sifrancs (1) ötörvénye tegetveli: a belmin fenget hamorítja a ladonok és a bizmák velgőjét minden szülő és rústalan, valamint rasztan, hatos és elsős hetlet likányában. A tációzás korábban hatos pingeség sifrancs (1) ötörvénye pedig kifejezetten vágogja, hogy az izson kapcsolatosan fodaros egyes gárhát kevendeznie az illemre tekintettel. A bizmákat nem szélyegheti kolya a zsintés és az azt közvetlenül pelver grus alatt, a vedet miatt. Miután az aróna rabzódta akárát arról, hogy telő, fel kell dösítnie: milyen feherletésre ezeti üvezéseknek van kitéve a telő bizma. Az akár szabogtatos a fekens mardányáról veznie az arónát, és somolnia ezeket a vegyend üvezéseket.



Dr. Herczeg Róbert
kutató
herczeg.robert@pte.hu
Dr. Kun József
tudományos munkatárs
jkun80@gmail.com
35404
Urbán Péter
PhD hallgató
urban.peter@pte.hu
Gálik Bence
tudományos segédmunkatárs
galik.bence@pte.hu

2020

 

  • Gángó A, Alpár D, Galik B, Marosvári D, Kiss R, Fésüs V, Aczél D, Eyüpoglu E, Nagy N, Nagy Á, Krizsán S, Reiniger L, Farkas P, Kozma A, Ádám E, Tasnády S, Réti M, Matolcsy A, Gyenesei A, Mátrai Z, Bödör C. Dissection of subclonal evolution by temporal mutation profiling in chronic lymphocytic leukemia patients treated with ibrutinib. International Journal of Cancer. 2020 Jan 1;146(1):85-93. doi: 10.1002/ijc.32502.

 

  • Montgomery SA, Tanizawa Y, Galik B, Wang N, Ito T, Mochizuki T, Akimcheva S, Bowman JL, Cognat V, Maréchal-Drouard L, Ekker H, Hong SF, Kohchi T, Lin SS, Liu LD, Nakamura Y, Valeeva LR, Shakirov EV, Shippen DE, Wei WL, Yagura M, Yamaoka S, Yamato KT, Liu C, Berger F. :Chromatin Organization in Early Land Plants Reveals an Ancestral Association between H3K27me3, Transposons, and Constitutive Heterochromatin. Current Biology 2020 Feb 24;30(4):573-588.e7. doi: 10.1016/j.cub.2019.12.015. 

 

  • Bödör C, Alpár D, Marosvári D, Galik B, Rajnai H, Bátai B, Nagy Á, Kajtár B, Burján A, Deák B, Schneider T, Alizadeh H, Matolcsy A, Brandner S, Storhoff J, Chen N, Liu M, Ghali N, Csala I, Bagó AG, Gyenesei A, Reiniger L. : Molecular Subtypes and Genomic Profile of Primary Central Nervous System Lymphoma. Journal of Neuropathology & Experimental Neurology 2020 Feb 1;79(2):176-183. doi:10.1093/jnen/nlz125.

 

  • Csepregi R, Temesfői V, Das S, Alberti Á, Tóth CA, Herczeg R, Papp N, Kőszegi T. :Cytotoxic, Antimicrobial, Antioxidant Properties and Effects on Cell Migration of Phenolic Compounds of Selected Transylvanian Medicinal Plants. Antioxidants (Basel). 2020 Feb 18;9(2):166. doi: 10.3390/antiox9020166. 
     
  • Paczkowska-Abdulsalam M, Niemira M, Bielska A, Szałkowska A, Raczkowska BA, Junttila S, Gyenesei A, Adamska-Patruno E, Maliszewska K, Citko A, Szczerbiński Ł, Krętowski A. : Evaluation of Transcriptomic Regulations behind Metabolic Syndrome in Obese and Lean Subjects. International Journal of Molecular Sciences 2020 Feb 20;21(4):1455. doi:10.3390/ijms21041455.
  • Fodor, István ; Zrinyi, Zita ; Urbán, Péter ; Herczeg, Robert ; Büki, Gergely ; M. Koene, Joris ; Tsai, Pei-San ; Pirger, Zsolt: Identification, presence, and possible multifunctional regulatory role of invertebrate gonadotropin-releasing hormone/corazonin molecule in the great pond snail (Lymnaea stagnalis)2020 doi: 10.1101/2020.03.01.971697

 

  • Madai M, Németh V, Oldal M, Horváth G, Herczeg R, Kelemen K, Kemenesi G, Jakab F. :Temporal Dynamics of Two Pathogenic Hantaviruses Among Rodents in Hungary. Vector-Borne and Zoonotic Diseases. 2020 Mar;20(3):212-221. doi: 10.1089/vbz.2019.2438.

 

  • Aczél T, Kecskés A, Kun J, Szenthe K, Bánáti F, Szathmary S, Herczeg R, Urbán P, Gyenesei A, Gaszner B, Helyes Z, Bölcskei K. : Hemokinin-1 Gene Expression Is Upregulated in Trigeminal Ganglia in an Inflammatory Orofacial Pain Model: Potential Role in Peripheral Sensitization. International Journal of Molecular Sciences 2020 Apr 22;21(8):2938. doi: 10.3390/ijms21082938. 

 

  • Papp H, Zeghbib S, Földes F, Banfai K, Madai M, Kemenesi G, Urbán P, Kvell K, Jakab F. :Crimean-Congo hemorrhagic fever virus infection triggers the upregulation of the Wnt signaling pathway inhibitor genes. Virus Genes 2020 Apr 25. doi: 10.1007/s11262-020-01759-z. 

 

  • Friston D, Junttila S, Lemes JBP, Laycock H, Torres-Perez JV, Want E, Gyenesei A, Nagy I.:  Leptin and fractalkine: novel subcutaneous cytokines in burn injury. Disease Models & Mechanisms 2020 Apr 29;13(4):dmm042713. doi: 10.1242/dmm.042713.

 

  • Kemenesi G, Kornya L, Tóth GE, Kurucz K, Zeghbib S, Somogyi BA, Zöldi V, Urbán P, Herczeg R, Jakab F. :Nursing homes and the elderly regarding the COVID-19 pandemic: situation report from Hungary. Geroscience. 2020 May 18:1-7. doi: 10.1007/s11357-020-00195-z. 

 

  • Fodor I, Urbán P, Kemenes G, Koene JM, Pirger Z. :Aging and disease-relevant gene products in the neuronal transcriptome of the great pond snail (Lymnaea stagnalis): a potential model of aging, age-related memory loss, and neurodegenerative diseases. Invertebrate Neuroscience 2020 May 24;20(3):9. doi: 10.1007/s10158-020-00242-6. 

     
  • Bodis J, Gödöny K, Várnagy Á, Kovács K, Koppán M, Nagy B, Erostyák J, Herczeg R, Szekeres-Barthó J, Gyenesei A, Kovács GL.:  How to reduce the potential harmful effects of light on blastocyst development during IVF. Medical Principles and Practice 2020 May 29. doi: 10.1159/000509016. 

 

2019

  • Marik T, Tyagi C, Balázs D, Urbán P, Szepesi Á, Bakacsy L, Endre G, Rakk D, Szekeres A, Andersson M A, Salonen H, Druzhinina I S, Vágvölgyi Cs, Kredics L. Structural Diversity and Bioactivities of Peptaibol Compounds From the Longibrachiatum Clade of the Filamentous Fungal Genus Trichoderma. Frontiers in Microbiology, 2019. Accepted for publication. Doi: 10.3389/fmicb.2019.01434. IF: 4.26

 

  • Garai K, Ádam Z, Herczeg R, Katai E, Nagy T, Pál Sz., Gyenesei A, Pongracz J, Wilhelm M, Kvell K. Artificial neural network correlation and biostatistics evaluation of physiological and molecular parameters in healthy young individuals performing regular exercise. Frontiers in Physiology, 2019. Accepted for publication. IF: 3.2

 

  • Péterfalvi A, Németh N, Herczeg R, Tényi T, Miseta A, Czéh B, Simon M. Examining the Influence of Early Life Stress on Serum Lipid Profiles and Cognitive Functioning in Depressed Patients. Frontiers in Psychology 2019. Accepted for publication. https://doi.org/10.3389/fpsyg.2019.01798, IF: 2.13

 

  • Macsai L, Olah Z, Bush AI, Galik B, Onody R, Kalman J, Datki Z. :Redox Modulating Factors Affect Longevity Regulation in Rotifers.  The Journals of Gerontology Series A Biological Sciences and Medical Sciences 2019 May 16;74(6):811-814. doi: 10.1093/gerona/gly193. 

 

  • Bauer W, Veijola R, Lempainen J, Kiviniemi M, Härkönen T, Toppari J, Knip M, Gyenesei A*, Ilonen J*. Age at Seroconversion, HLA Genotype and Specificity of Autoantibodies in Progression of Islet Autoimmunity in Childhood. Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism 2019 May 23. pii: jc.2019-00421. doi: 10.1210/jc.2019-00421. IF: 5.79

 

  • Zana B, Geiger L, Kepner A, Földes F, Urbán P, Herczeg R, Kemenesi G, Jakab F. First molecular detection of Apis mellifera filamentous virus in honey bees ( Apis mellifera ) in Hungary, Acta Veterinaria 2019, 67:1 pp. 151-157. IF: 1.04

 

  • Montskó, G ; Gödöny, K ; Herczeg, R ; Várnagy, Á ; Bódis, J ; Kovács, GL Alpha-1 chain of human haptoglobin as viability marker of in vitro fertilized human embryos: information beyond morphology. System Biology in Reproductive Medicine 2019, 65: 2 pp. 174-180, IF: 1.58

 

  • Datki Z, Galik-Olah Z, Bohar Z, Zadori D, Fulop F, Szatmari I, Galik B, Kalman J, Vecsei L. : Kynurenic Acid and Its Analogs Are Beneficial Physiologic Attenuators in Bdelloid Rotifers. Molecules. 2019 Jun 10;24(11):2171. doi.:10.3390/molecules24112171. 

 

  • Zana B, Kemenesi G, Buzás D, Csorba G, Görföl T, Khan FAA, Tahir NFDA,Zeghbib S, Madai M, Papp H, Földes F, Urbán P, Herczeg R, Tóth GE, Jakab F.: Molecular Identification of a Novel Hantavirus in Malaysian Bronze Tube-Nosed Bats (Murina aenea) Viruses. 2019 Sep 21;11(10):887. doi:10.3390/v11100887. 

 

  • Földes F, Madai M, Németh V, Zana B, Papp H, Kemenesi G, Bock-Marquette I,Horváth G, Herczeg R, Jakab F. : Serologic survey of the Crimean-Congo haemorrhagic fever virus infection among wild rodents in Hungary. Ticks Tick-borne Diseases. 2019 Oct;10(6):101258. doi: 10.1016/j.ttbdis.2019.07.002. 

 

  • Zeghbib S, Herczeg R, Kemenesi G, Zana B, Kurucz K, Urbán P, Madai M, Földes F, Papp H, Somogyi B, Jakab F.: Genetic characterization of a novel picornavirus in Algerian bats: co-evolution analysis of bat-related picornaviruses. Scientific Reports 2019 Oct 31;9(1):15706. doi: 10.1038/s41598-019-52209-2.
     
  • Bödör C, Alpár D, Marosvári D, Galik B, Rajnai H, Bátai B, Nagy Á, Kajtár B, Burján A, Deák B, Schneider T, Alizadeh H, Matolcsy A, Brandner S, Storhoff J, Chen N, Liu M, Ghali N, Csala I, Bagó AG, Gyenesei A, Reiniger L. Molecular Subtypes and Genomic Profile of Primary Central Nervous System Lymphoma. Journal of Neuropathology & Experimental Neurology, 2019 Nov 28. doi:10.1093/jnen/nlzl125

 

2018

  • Mutti M, Sonnevend Á, Pál T, Junttila S, Ekker H, Galik B, Gyenesei A, Nagy G, Nagy E, Szijártó V. : Complete Genome Sequence of Escherichia coli 81009, a Representative of the Sequence Type 131 C1-M27 Clade with a Multidrug- Resistant Phenotype. Genome Announcements. 2018 doi: 10.1128/genomeA.00056-18. 

 

  • Aczél T, Kun J, Szőke É, Rauch T, Junttila S, Gyenesei A, Bölcskei K, Helyes Z. : Transcriptional Alterations in the Trigeminal Ganglia, Nucleus and Peripheral Blood Mononuclear Cells in a Rat Orofacial Pain Model. Frontiers in Molecular Neuroscience 2018 doi: 10.3389/fnmol.2018.00219. 

 

  • Datki Z, Olah Z, Hortobagyi T, Macsai L, Zsuga K, Fulop L, Bozso Z, Galik B, Acs E, Foldi A, Szarvas A, Kalman J. :Exceptional in vivo catabolism of neurodegeneration-related aggregates.  2018 Jan 29;6(1):6. doi: 10.1186/s40478-018-0507-3. 

 

  • Bán Á, Pintér E, Kun J. :A megfelelő szájegészség megvédhet a kalciumcsatorna- blokkoló készítmények okozta gingivahyperplasia kialakulásától [Proper oral health can protect from developing gingival hyperplasia induced by calcium channel blockers]. Orvosi Hetilap 2018 Jul;159(29):1183-1187. Hungarian. doi: 10.1556/650.2018.31088. 

 

  • Feller D, Kun J, Ruzsics I, Rapp J, Sarosi V, Kvell K, Helyes Z, Pongracz JE. : Cigarette Smoke-Induced Pulmonary Inflammation Becomes Systemic by Circulating Extracellular Vesicles Containing Wnt5a and Inflammatory Cytokines. Frontiers in Immunology. 2018 Jul 25;9:1724. doi: 10.3389/fimmu.2018.01724. 

 

  • Deutsch-Nagy L, Urbán P, Tóth Z, Bihari Z, Kocsis B, Fekete C, Kilár F. : Genome sequence of Shigella sonnei 4303. Gut Pathogens 2018 Oct 24;10:47. doi: 10.1186/s13099-018-0274-5. 
Nem került feltöltésre publikáció...
  • New and/or still running collaborations and contracts with industrial partners (with the identification number of contract and the total amount in EUR) within this period.
    • PTE/46974-1/2019: Sequencing and bioinformatics research collaboration and services (University of Szeged, 7 800 EUR)
    • PTE/56542-1/2019: Bioinformatics research collaboration and services (Xenovea Ltd., 16 600 EUR)

 

  • Research grants obtained and/or still running within this period (grant number and granted amount in EUR). In case of large university grants (e.g. TAMOP, GINOP, EFOP), where your research group was only a part of a larger program, give the proportion used by your group only
    • 2019-1-HU01-KA203-061251: „Educating Experts of the Future: Developing Bioinformatics and Biostatistics competencies of European Biomedical Students - BECOMING” (ERASMUS+ project), 269 000 EURGINOP-2.3.2-15-2016-00021: „Chip-technológia alkalmazása a humán in vitro fertilizáció eredményességének javításában” (IVF GINOP project)
    • EFOP-3.6.2-16-2017-00009: „Klinikai kutatások tematikus hálózatának kialakítása és nemzetköziesítése” (HECRIN EFOP project)
    • GINOP-2.2.1-15-2017-00067: „Hálózatos analitikai és adathasznosítási lehetőségek az egészségügyben” (DataLake GINOP project)
    • 2018-1-HU01-KA203-047811: „Curriculum Development of Human Clinical Trial for the Next Generation Biomedical Students - CONSCIOUS” (ERASMUS+ project), 299 000 EUR

 

KAPCSOLAT
Dr. Gyenesei Attila
Kutatócsoport Vezető