Rólunk

A Szentágothai János Kutatóközpont a PTE korszerű, nemzetközi tudományszervezési és menedzsment normák szerint kialakított új intézménye, amely az élettudományi, élettelen természettudományi, valamint környezettudományi oktatás...

Tovább

Bejelentkezés

Bejelentkezés egyetemi azonosítóval


Magyar Genomika és Bioinformatika Központ

  • Szolgáltatások
  • Munkatársak
  • Publikációk

A Genomika és Bioinformatika Core Facility az első magyar core facility, amely az új generációs szekvenálás  (NGS) és bioinformatikai szolgáltatások biztosítására jött létre.

A Core Facility a Pécsi Tudományegyetem Szentágothai János Kutatóközpontjában található, az új generációs szekvenálási szolgáltatások széles skáláját kínálja, beleértve az Illumina szekvenálást ( Nextseq, MiSeq, MiniSeq és iSeq), a nanopore szekvenálást (MinION), valamint  teljes körű protokollokat genom, transzkriptom, epigenom és metagenom szekvenálásra. A csoport emellett bioinformatikai és biostatisztikai adatelemzési szolgáltatásokat is nyújt új generációs szekvenálási és orvosbiológiai adatokkal kapcsolatban.

Szolgáltatások

Könyvtárkészítés és minőség-ellenőrzés

Tapestation 4200

A Genomikai és Bioinformatikai Core Facility a könyvtárkészítési módszerek  széles skáláját kínálja DNS és RNS mintákból, a szekvenálási technológia, a minta forrása és a biológiai kérdés függvényében. Minden lépésben gondosan ellenőrizzük a facility munkatársai vagy a megrendelő által előkészített szekvenálási könyvtárak minőségét.

A fő lépések a következőek:

  • Koncentráció mérése (Fluorescence Qubit 4.0)
  • Fragmensméret meghatározás (Bioanalyzer 2100, TapeStation 4200)


  • Új generációs szekvenálás

    A szekvenálást az Illumina (NextSeq 550, MiSeq, MiniSeq, iSeq) és a Nanopore (MinION) szekvenáló készülékeken hajtjuk végre, az alkalmazástól és a biológiai kérdéstől függően. A rendelkezésre álló eszközök a rövid (Illumina technológia) és a hosszú szekvenálást (Oxford Nanopore technológia), valamint a kimenetek széles skáláját fedik le, a néhány százezertől a több száz millió darab leolvasási hosszig.

    NextSeq 550


     Bioinformatika és adatelemzés

    A facility olyan bioinformatikai szolgáltatásokat nyújt, melyek lefedik az NGS-adatok elemzésének legfőbb lépéseit, beleértve a nyers adatfeldolgozást (mintákra szétválogatott, térképezetlen BAM fájlok átadása), a standard bioinformatikai elemzéseket (pl.: szekvenciák térképezése és genom böngészőben történő megjelenítése), a további bioinformatikai elemzéseket (pl.: különböző módon expresszálódó gének azonosítása vagy genotipizálás) valamint a publikációk esetében adatmegosztási követelményekkel kapcsolatos segítséget (pl. GEO benyújtás).

    Contact



    Műszerek

    BD FACS Canto II

    FACS Canto II egy 3 lézerrel (violet, blue, red) felszerelt, digitális áramlási cytométer.

    Optikai rendszer

    • 8 fluoreszcens paraméter
    • Forward scatter light (FSC) detektálás fotó diódával
    • Side scatter light (SSC) és a fluoreszcens jelek PMT-s erősítése
       

    Kék lézer (488 nm)

    • 502 LP, 530/30 nm FITC, Alexa Fluor 488, CFSE
    • 556 LP, 585/42 nm PE, PI
    • 655 LP, 670 LP nm PerCP, PerCP-Cy5.5, 7AAD, PI
    • 735 LP, 780/60 nm PE-Cy7, PE-Vio780
       

    Vörös lézer (633 nm)

    • 660/20 nm APC, Cy5, Alexa Fluor 647
    • 735 LP, 780/60 nm APC-Cy7, APC-H7, APC-Vio780
       

    UV lézer (405 nm)

    • 450/50 nm PacificBlue, BV421, Alexa Flour405, BV421, eF450, Horizon V450, VioBlue
    • 502 LP, 510/50 nm AmCyan, BV510, PacificOrange, Horizon V500, Q-Dot525, VioGreen
       

    Minta tartó

    • BD Falcon cső, 5ml, 12x75 mm
       

    A flow cytométer alkalmas a legtöbb sejttípus sejtszuszpenzióban való mérésére, azok DNS tartalmának meghatározására, illetve detektálható az egyes immunsejt populációk által termelt citokinek, kemokinek és egyéb solubilis faktorok.

    High Throughput Sampler (HTS) használati lehetőség.

    A készülék használata a regisztrált felhasználóknak a Szentágothai János Kutatóközpont honlapján időpontfoglalással, míg az ideiglenes használata előzetes egyeztetéssel történik a műszer felelősével.



    Covaris M220 Ultrasonicator

    Az M220 Focused-ultrasonicator készüléket az új generációs szekvenálásban alkalmazott 150 bp és 5 Kbp közötti méretű fragmentek létrehozására. A COVARIS AFA ultrahangos frekvencián és nagyon rövid hullámhosszon továbbítja az akusztikus energiát, majd egyedülálló módon képes az energiát a mintára fókuszálni. Az AFA képes szabályozni a nyíróerőt, ennek segítségével a kiválasztott méretre fragmentálja a nukleinsavakat.

    Covaris M220


    Illumina iSeq 100

    iSeq

    Az iSeq 100 asztali szekvenáló az Illumina egycsatornás szekvenálását használja fel a szintézis alapú szekvenálási technológiával, így rendkivül gyors szekvenálást biztosít, miközben megőrzi az adatminőséget. Az Illumina jelenleg legkisebb szekvenálójaként is képes 300 bázispár hosszúságú paired-end típusú futtatása során több mint 1,2 milliárd bázispárt előállítani mindössze 17 óra alatt. Az iSeq egy széles körű alkalmazásokkal rendelkező rugalmas rendszer, amely ideális kisméretű genom, target és amplikon, valamint virális és mikrobiális genomok szekvenálásához.



    Illumina MiniSeq

    A Miniseq rendszer magas minőségű szekvenálási technikát kínál költséghatékony asztali rendszerrel. Lehetővé teszi a kisméretű genom, amplikon, célzott és RNS szekvenálást alacsony könyvtári mennyiség felhasználásával. Ideális olyan célzott kutatási alkalmazásokhoz, mint a daganatos megbetegedések vizsgálata és a génexpresszió profilozása.

    MiniSeq


    Illumina MiSeq

    MiSeq

    A MiSeq benchtop készülék tud jelenleg a leghosszabb leolvasási hosszt generálni az Illumina készülékek között. A single end 36 (1x36) a paired end 300 (2x300) bázispár között bármilyen leolvasásra hosszt képes szekvenálni, ezáltal széleskörű applikációs lehetőségeket biztosít. A MiSeq költséghatékony eszköz különféle célzott genomszekvenálásra, metagenomikai és genexpressziós elemzésekhez is.



    Illumina NextSeq 550 NGS

    A NextSeq 550 rendszer ideális szekvenáló készülék a különböző méretű transzkriptomikai projektekhez és a szekvenálási kihozatalokhoz, optimális működési hatékonyságot biztosítva a felhasználók számára. A NextSeq 550 lehetővé teszi az alacsonyabb és a magasabb futási konfigurációk közötti váltást a projekt igényei alapján. Ideális platform a kis és közepes RNS szekvenálási projektekhez, a közepes méretű genomok valamint a teljes exom szekvenáláshoz

    NextSeq 550


    Illumina Novaseq 6000

    A NovaSeq 6000 készülék a legnagyobb kapacitású újgenerációs szekvenáló, amely jelenleg elérhető. A készülék segítségével egyetlen futtatásban akár 48 teljes humán genomot meg lehet szevenálni 48 óra alatt. A rendszer széles skálázhatóságot biztosít, így költséghatékony platform lehet a kisebb projektek számára is. A NovaSeq 6000 készülék ideális transzkriptomikai, metagenomikai, célzott és teljes genom szekvenálási feladatokra.

     



    Oxford Nanopore MinION sequencer

    A MinION egy hordozható, valós idejű RNS és DNS szekvenálásra alkamas eszköz, amely képes bármilyen hosszúságú nukleinsav leolvasására. A nanopórus alapú szekvenálás alkalmazásával egyetlen DNS vagy RNS molekula szekvenálható fragmentálás, PCR amplifikáció vagy a minta kémiai jelölése nélkül. A rendkívül hosszú leolvasási hosszúság (több száz kb) ideális lehet teljes genomok valamint hosszú amplikonok szekevenálására.

    Nanopore MinIon


    TapeStation 4200 system

    Tapestation 4200

    Az Agilent 4200 TapeStation a nukleinsavak elektroforézissel történő méret szerinti elválasztását végző rendszer. Ez a készülék egy komplett megoldás a minták minőségének ellenőrzésére bármilyen NGS munkafolyamatok végpontjainál, alkalmas mind DNS, mind RNS analízisére. Az alkalmazástól függően a szoftver automatikusan meghatározza a méretet, a mennyiséget, a tisztaságot, illetve az RNS és DNS integritását.



    BD FACS Canto II flow cytométer

    FACS Canto II egy 3 lézerrel (violet, blue, red) felszerelt, digitális áramlási cytométer.

    Optikai rendszer

    • 8 fluoreszcens paraméter
    • Forward scatter light (FSC) detektálás fotó diódával
    • Side scatter light (SSC) és a fluoreszcens jelek PMT-s erősítése

    Blue lézer (488 nm)

    • 502 LP, 530/30 nm FITC, Alexa Fluor 488, CFSE
    • 556 LP, 585/42 nm PE, PI
    • 655 LP, 670 LP nm PerCP, PerCP-Cy5.5, 7AAD, PI
    • 735 LP, 780/60 nm PE-Cy7, PE-Vio780

    Red lézer (633 nm)

    • 660/20 nm APC, Cy5, Alexa Fluor 647
    • 735 LP, 780/60 nm APC-Cy7, APC-H7, APC-Vio780

    Violet lézer (405 nm)

    • 450/50 nm PacificBlue, BV421, Alexa Flour405, BV421, eF450, Horizon V450, VioBlue
    • 502 LP, 510/50 nm AmCyan, BV510, PacificOrange, Horizon V500, Q-Dot525, VioGreen

    Minta tartó

    • BD Falcon cső, 5ml, 12x75 mm

    A flow cytométer alkalmas a legtöbb sejttípus sejtszuszpenzióban való mérésére, azok DNS tartalmának meghatározására, illetve detektálható az egyes immunsejt populációk által termelt citokinek, kemokinek és egyéb solubilis faktorok.

    High Throughput Sampler (HTS) használati lehetőség.

    A készülék használata a regisztrált felhasználóknak a Szentágothai János Kutatóközpont honlapján időpontfoglalással, míg az ideiglenes használata előzetes egyeztetéssel történik a műszer felelősével.



    FlowJo V10.

    FlowJo V10. flow cytometriás analizáló szoftver.



    ABI Prism 310 Genetic Analyzer

    A szekvenáló futás kapilláris elektroforézis alapján történik. A gép egy kapillárissal rendelkezik, egy időben egy minta vizsgálatára alkalmas. A szekvenálandó mintát egy PCR reakcióban fluoreszcensen jelölt dideoxi-NTP-kel kell jelölni, a reakcióban, a láncterminálás következtében különböző méretű jelölt fragmentek keletkeznek, amelyek a kapilláris elektroforézis során elválnak. Az érzékelő ablakhoz érkező jelölt fragmentet lézer gerjeszti, a fluoreszcens jelet egy CCD kamera fogadja. A gép alkalmas mind szekvencia meghatározásra, mint fragment analízisre. Fragment analízis esetén egyidejűleg maximum öt fluorofór vizsgálata lehetséges.  Egy minta átlagos vizsgálati ideje másfél óra.



    Applied Biosystems StepOnePlus™

    A készülék egy valós idejű PCR rendszer, amellyel lehetőség van génexpressziós mérések, genotipizálások és olvadáspont vizsgálatok végzésére. A génexpressziós vizsgálatoknál a kettős jelölésű próbákkal (TaqMan, Scorpions, Molecular Beacons stb.) és SYBR Green festékkel egyaránt végezhetőek. Egy mintában egyidejűleg maximum négy fluorofór vizsgálata lehetséges a gyártó által dedikált festékekkel (FAM,VIC/JOE, ROX, NED/TAMRA).  A kimutatás ideje 1-3 óra. A blokkonként változtatható hőmérséklet (VeriFlex Block) PCR optimalizálás esetén hasznos lehet.

    www.thermofisher.com/hu/en/home/life-science/pcr/real-time-pcr/real-time-pcr-instruments/step-one-real-time-pcr-systems.html#



    Bio-Rad CFX96 Touch DeepWell Real Time PCR

    A CFX-Real Time PCR detekktáló rendszer hatékony és rugalmas eszköz. A készülék nagy érzékenységű és nagy megbízhatóságú detektálást nyújt singleplex és multiplex real-time PCR reakciókhoz akár 5 különböző csatornán. A CFX Maestro Analysis szoftverrel párosítva a CFX eszköz kiváló adatgyűjtési, statisztikai elemzési és adatvizualizációs lehetőségeket kínál.

    Bio-Rad cfx96


    Hitachi CR22GIII centrifuga

    Nagy kapacitású álló Hitachi centrifugával maximálisan akár 6L centrifugálható (4 × 1500 ml). A centrifuga egyszerűen működtethető intuitív LCD érintőképernyővel, amelynek köszönhetően minden fontos paraméter egyszerűen szabályozható és követhető a centrifugálás során.  Maximum sebesség 22.000 rpm.

    http://www.ibiotech.cz/media/files/product_pdf/cn22n.pdf



    nCounter SPRINT Profiler

    Az nCounter SPRINT Profiler működése egy újszerű digitális vonalkód technológián alapul, mely a célmolekulákhoz hibridizál. Ezt követően a digitális vonalkódot egy „single molecule” képalkotási technikával közvetlenül megszámolják, melynek eredménye egy nagyon pontos és érzékeny mennyiségi meghatározás. Párhuzamosan akár 800 target mérhető egyetlen mintában, egy futással pedig 12 minta vizsgálható.

    https://www.nanostring.com/products/ncounter-systems-overview/ncounter-sprint-profiler

    SPRINT Profiler készüléken támogatott applikációk:

    • Génexpresszió (mRNS)
    • miRNS
    • DNS kópiaszám-eltérések (CNV)
    • lncRNS
    • Kromatin immunprecipitáció (ChIP-String)
    • Fehérje
    • Génfúziók


    Hasznos tudnivalók

    A Genomika és Bioinformatika Core Facility  különböző szolgáltatásokat kínál valamennyi tudományos és ipari kutatócsoport számára.  A megvalósíthatóság és a költségek becslése érdekében javasoljuk, hogy vegye fel a kapcsolatot csapatunkkal szekvenálási kísérlet, illetve bioinformatikai adatok elemzési feladatának tervezésekor.

    A Genomika és Bioinformatika Core facility folyamatos pénzügyi támogatásának biztosítása miatt elengedhetetlen, hogy a szolgáltatások eredményeként létrejött publikációkban a core facility  meg legyen jelenítve. Ezért kérjük partnereinket, hogy jelezzék a közleményben, hogy a tevékenység az SzKK Genomika és Bioinformatika Core Facility igénybevételével történt, melyet a „Köszönetnyilvánítás” (angolul: „Acknowledgement”) részben az alábbi mondattal jelezzen:

    „A kutatás a Pécsi Tudományegyetem Szentágothai János Kutatóközpont Genomika és Bioinformatika Core Facility igénybevételével készült.” (Angolul: The research was performed in collaboration with Genomics and Bioinformatics Core Facility at the Szentágothai Research Centre of the University of Pécs.) Az SzKK ennek elmaradása esetében a pótlást kérheti, melyet a partner köteles haladéktalanul teljesíteni.

    A tudományos közleményeket a weboldalunkon is szerepeltetni fogjuk.

    Contact

    Dr. Gyenesei Attila
    tudományos főmunkatárs
    gyenesei.attila@pte.hu
    Bauer Witold
    tudományos segédmunkatárs
    bauer.witold@pte.hu
    Gálik Bence (ImPress MSCA PhD student at the Medical University of Bialystok)
    PhD hallgató
    galik.bence@pte.hu
    Dr. Herczeg Róbert
    tudományos munkatárs
    herczeg.robert@pte.hu
    Dr. Kun József
    tudományos munkatárs
    kun.jozsef@pte.hu
    29021, 29202
    Urbán Péter
    tudományos segédmunkatárs
    urban.peter@pte.hu
    29291
    Prof. Dr. Kálmán Bernadette
    egyetemi tanár
    bernadette.kalman@pte.hu
    29205
    Tompa Márton
    kutató
    tmarc232@gmail.com
    Krabóth Zoltán


    +36 72 501-500 /29143
    Zsiborás Réka
    laboratóriumi asszisztens
    zsiboras.reka@pte.hu
    29291
    Harangozó-Dimák Adrienn
    laboratóriumi asszisztens
    dimak.adrienn@pte.hu
    29291
    Géczi Fanni
    laboratóriumi asszisztens
    geczi.fanni@pte.hu
    29291
    Mátyás Mónika
    projektasszisztens
    matyas.monika@pte.hu
    29202

    2023

    2023

    • Charkiewicz, R.; Sulewska, A.; Mroz, R.; Charkiewicz, A.; Naumnik, W.; Kraska, M.; Gyenesei, A.; Galik, B.; Junttila, S.; Miskiewicz, B.; et al. Serum Insights: Leveraging the Power of miRNA Profiling as an Early Diagnostic Tool for Non-Small Cell Lung Cancer. Cancers 2023, 15, 4910.
    • Borbély, É., Kecskés, A., Kun, J. et al. Hemokinin-1 is a mediator of chronic restraint stress-induced pain. Sci Rep 13, 20030 (2023). https://doi.org/10.1038/s41598-023-46402-7

    • Bátai B.,Nagy Á.,Nagy T.,Bedics G.,Gálik B.,Varga L.,Király P. A.,Masszi A.,Mikala G.,Farkas P., Masszi T.,Demeter J.,Jóna Á.,Pettendi P.,Gyenesei A.,Tóth E.,Timár B.,Csomor J.,Matolcsy A., Schneider T.,Alpár D.,Bödör Cs.: Concurrent Testing of Spatially Separated Tissue Samples and Circulating Tumor DNA Reveals Substantial Intra-Patient Genetic Heterogeneity in Relapsed/Refractory Follicular Lymphoma Blood-Am. Soc. of Hem 142, p 171 (2023) https://doi.org/10.1182/blood-2023-187554

    • Fekete, F., Menus, Á., Tóth, K., Kiss, Á. F., Minus, A., Sirok, D., ... & Monostory, K. (2023). CYP1A2 expression rather than genotype is associated with olanzapine concentration in psychiatric patients. Scientific Reports, 13(1), 18507. https://www.nature.com/articles/s41598-023-45752-6

    • Szabó, É.; Csölle, I.; Felső, R.; Kuellenberg de Gaudry, D.; Nyakundi, P.N.; Ibrahim, K.; Metzendorf, M.-I.; Ferenci, T.; Lohner, S. Benefits and Harms of Edible Vegetable Oils and Fats Fortified with Vitamins A and D as a Public Health Intervention in the General Population: A Systematic Review of Interventions. Nutrients 202315, 5135. https://doi.org/10.3390/nu15245135

    • Charkiewicz, R.; Sulewska, A.; Charkiewicz, A.; Gyenesei, A.; Galik, B.; Ramlau, R.; Piwkowski, C.; Stec, R.; Biecek, P.; Karabowicz, P.; et al. miRNA-Seq Tissue Diagnostic Signature: A Novel Model for NSCLC Subtyping. Int. J. Mol. Sci. 202324, 13318. https://doi.org/10.3390/ijms241713318/li>

    • Zsolt Datki, Zsuzsanna Darula, Viktor Vedelek, Eva Hunyadi-Gulyas, Brian J. Dingmann, Balazs Vedelek, Janos Kalman, Peter Urban, Attila Gyenesei, Zita Galik-Olah, Bence Galik, Rita Sinka: Biofilm formation initiating rotifer-specific biopolymer and its predicted components, International Journal of Biological Macromolecules, Volume 253, Part 5, 2023,127157, ISSN 0141-8130, https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2023.127157/li>

    • Balikó A, Szakács Z, Kajtár B, Ritter Z, Gyenesei A, Farkas N, Kereskai L, Vályi-Nagy I, Alizadeh H and Pajor L (2023) Clinicopathological analysis of diffuse large B-cell lymphoma using molecular biomarkers: a retrospective analysis from 7 Hungarian centers. Front. Oncol., 2023 13:1224733. doi: 10.3389/fonc.2023.1224733/li>
    • Margot Otto, József Geml, Ádám I. Hegyi, Júlia Hegyi-Kaló, József Kun, Attila Gyenesei, Kálmán Z. Váczy: Metatranscriptomic analyses of grapes reveal differences in expressed functional genes of filamentous and yeast fungi during noble rot and grey rot, Fungal Ecology, Volume 65,2023,101277,ISSN 1754-5048, https://doi.org/10.1016/j.funeco.2023.101277
    • Champramary S, Indic B, Szűcs A, Tyagi C, Languar O, Hasan KMF, Szekeres A, Vágvölgyi C, Kredics L and Sipos G (2023) The mycoremediation potential of the armillarioids: a comparative genomics analysis. Front. Bioeng. Biotechnol. 11:1189640. doi: 10.3389/fbioe.2023.1189640

       

    • Sahu, N., Indic, B., Wong-Bajracharya, J. et al. Vertical and horizontal gene transfer shaped plant colonization and biomass degradation in the fungal genus Armillaria. Nat Microbiol 8, 1668–1681 (2023). https://doi.org/10.1038/s41564-023-01448-1

    • Felső R, Lányi É, Erhardt É, Laufer Z, Kardos D, Herczeg R, Gyenesei A, Hollódy K, Molnár D. Total sleep deprivation decreases saliva ghrelin levels in adolescents. J Sleep Res. 2023 Apr;32(2):e13746. doi: 10.1111/jsr.13746. Epub 2022 Oct 11. PMID: 36217837

    • Denes V, Lukats A, Szarka G, Subicz R, Mester A, Kovacs-Valasek A, Geck P, Berta G, Herczeg R, Postyeni E, Gyenesei A, Gabriel R. Long-term Effects of the pituitary-adenylate cyclase-activating Polypeptide (PACAP38) in the Adult Mouse Retina: Microglial Activation and Induction of Neural Proliferation. Neurochem Res. 2023 Jul 19. doi: 10.1007/s11064-023-03989-7. Epub ahead of print. PMID: 37466802.

    • Pajor G.,Kajtár B,Kereskai L.,Tornóczki T.,Alizadeh H.,Gyenesei A,Vályi-Nagy I.: A diffúz nagy B-sejtes limfóma fenotipikus, citogenetikai és expressziós profil heterogenitása – Magyarországi multicentrikus tanulmány. Hematológia–Transzfuziológia, 55 (2022) 4, 154–163, https://doi.org/10.1556/2068.2023.00157
    • Horváth, M.; Kovács, T.; Kun, J.; Gyenesei, A.; Damjanova, I.; Tigyi, Z.; Schneider, G. Virulence Characteristics and Molecular Typing of Carbapenem-Resistant ST15 Klebsiella pneumoniae Clinical Isolates, Possessing the K24 Capsular Type. Antibiotics 2023, 12, 479. https://doi.org/10.3390/antibiotics12030479.
    • Apjok, G., Számel, M., Christodoulou, C. et al. Characterization of antibiotic resistomes by reprogrammed bacteriophage-enabled functional metagenomics in clinical strains. Nat Microbiol (2023). https://doi.org/10.1038/s41564-023-01320-2
    • Friston, Dominic Anthony; Cuddihy, Joshua; Souza Luiz, Jessica; Truong, An Hoai; Ho, Laptin; Basra, Meirvaan; Santha, Peter; Oszlacs, Orsolya; de Sousa Valente, Joao; Marczylo, Time; Junttila, Sini; Laycock, Helen; Collins, Declan; Vizcaychipi, Marcela; Gyenesei, Attila; Takats, Zoltan; Jancso, Gabor; Want, Elizabeth; Nagy, Istvan: Elevated 18:0 lysophosphatidylcholine contributes to the development of pain in tissue injury. PAIN 164(2):p e103-e115, February 2023. | DOI: 10.1097/j.pain.0000000000002709 

       

    2022

    2022

     

    • Neparáczki E, Kis L, Maróti Z, Kovács B, Varga GIB, Makoldi M, Horolma P, Éva Teiszler, Tihanyi B, Nagy PL, Maár K, Gyenesei A, Schütz O, Dudás E, Török T, Pascuttini-Juraga V, Peharda I, Vizi LT, Horváth-Lugossy G, Kásler M.: The genetic legacy of the Hunyadi descendants . Heliyon. 2022 Nov 17;8(11):e11731. doi: 10.1016/j.heliyon.2022.e11731 

    • Felső R., Lányi,E., Erhardt,E., Laufer,Z., Kardos, D., Herczeg, R., Gyenesei, A., Hollódy, K., & Molnár,D. (2022). Total sleep deprivation decreases saliva ghrelinlevels in adolescents.Journal of Sleep Research, e13746. https://doi.org/10.1111/jsr.137468of8 

    • Kiss F, Kormos V, Szőke É, Kecskés A, Tóth N, Steib A, Szállási Á, Scheich B, Gaszner B, Kun J, Fülöp G, Pohóczky K, Helyes Z. Functional Transient Receptor Potential Ankyrin 1 and Vanilloid 1 Ion Channels Are Overexpressed in Human Oral Squamous Cell Carcinoma. Int J Mol Sci. 2022 Feb 8;23(3):1921. doi: 10.3390/ijms23031921. PMID: 35163843; PMCID: PMC8836603.

    • Datki Z, Balazs E, Galik B, Sinka R, Zeitler L, Bozso Z, Kalman J, Hortobagyi T, Galik-Olah Z. The interacting rotifer-biopolymers are anti- and disaggregating agents for human-type beta-amyloid in vitro. Int J Biol Macromol. 2022 Mar 15;201:262-269. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2021.12.184. Epub 2022 Jan 7. PMID: 34999044.

    • Datki Z, Sinka R, Galik B, Galik-Olah Z. Particle-dependent reproduction and exogenic biopolymer secretion of protozoa co-cultured rotifers. Int J Biol Macromol. 2022 Jun 30;211:669-677. doi: 10.1016/j.ijbiomac.2022.05.020. Epub 2022 May 16. PMID: 35588974.

    • Hamar Á, Filipánits K, Váradi A, Váradi-Rácz R, Gellén HO, Futács K, Urbán P, Kovacs GL, Gombos K. Diagnostic accuracy of SARS-CoV-2 Panbio™ rapid antigen diagnostic tests in a 4,440-case clinical follow-up. Front Med (Lausanne). 2022 Aug 2;9:908127. doi: 10.3389/fmed.2022.908127. PMID: 35983094; PMCID: PMC9380887.

    • Kurucz K, Zeghbib S, Arnoldi D, Marini G, Manica M, Michelutti A, Montarsi F, Deblauwe I, Van Bortel W, Smitz N, Pfitzner WP, Czajka C, Jöst A, Kalan K, Šušnjar J, Ivović V, Kuczmog A, Lanszki Z, Tóth GE, Somogyi BA, Herczeg R, Urbán P, Bueno-Marí R, Soltész Z, Kemenesi G. Aedes koreicus, a vector on the rise: Pan-European genetic patterns, mitochondrial and draft genome sequencing. PLoS One. 2022 Aug 1;17(8):e0269880. doi: 10.1371/journal.pone.0269880. PMID: 35913994; PMCID: PMC9342712.

    • Aczél T, Benczik B, Ágg B, Körtési T, Urbán P, Bauer W, Gyenesei A, Tuka B, Tajti J, Ferdinandy P, Vécsei L, Bölcskei K, Kun J, Helyes Z. Disease- and headache-specific microRNA signatures and their predicted mRNA targets in peripheral blood mononuclear cells in migraineurs: role of inflammatory signalling and oxidative stress. J Headache Pain. 2022 Sep 2;23(1):113. doi: 10.1186/s10194-022-01478-w. PMID: 36050647; PMCID: PMC9438144.

    • Boros Á, Albert M, Urbán P, Herczeg R, Gáspár G, Balázs B, Cságola A, Pankovics P, Gyenesei A, Reuter G. Unusual "Asian-origin" 2c to 2b point mutant canine parvovirus (Parvoviridae) and canine astrovirus (Astroviridae) co-infection detected in vaccinated dogs with an outbreak of severe haemorrhagic gastroenteritis with high mortality rate in Hungary. Vet Res Commun. 2022 Sep 21:1–7. doi: 10.1007/s11259-022-09997-2. Epub ahead of print. PMID: 36129562; PMCID: PMC9490711.

    • Jia X, Bene J, Balázs N, Szabó K, Berta G, Herczeg R, Gyenesei A, Balogh P. Age-Associated B Cell Features of the Murine High-Grade B Cell Lymphoma Bc.DLFL1 and Its Extranodal Expansion in Abdominal Adipose Tissues. J Immunol. 2022 Jun 15;208(12):2866-2876. doi: 10.4049/jimmunol.2100956. Epub 2022 Jun 3. PMID: 35867673.

    • Pohóczky K, Kun J, Szentes N, Aczél T, Urbán P, Gyenesei A, Bölcskei K, Szőke É, Sensi S, Dénes Á, Goebel A, Tékus V, Helyes Z. Discovery of novel targets in a complex regional pain syndrome mouse model by transcriptomics: TNF and JAK-STAT pathways. Pharmacol Res. 2022 Aug;182:106347. doi: 10.1016/j.phrs.2022.106347. Epub 2022 Jul 9. PMID: 35820612.

    • Majláth I, Éva C, Hamow KÁ, Kun J, Pál M, Rahman A, Palla B, Nagy Z, Gyenesei A, Szalai G, Janda T. Methylglyoxal induces stress signaling and promotes the germination of maize at low temperature. Physiol Plant. 2022 Jan;174(1):e13609. doi: 10.1111/ppl.13609. Epub 2021 Dec 15. PMID: 34851527.

    • Vokó Z, Kiss Z, Surján G, Surján O, Barcza Z, Pályi B, Formanek-Balku E, Molnár GA, Herczeg R, Gyenesei A, Miseta A, Kollár L, Wittmann I, Müller C, Kásler M. Nationwide effectiveness of five SARS-CoV-2 vaccines in Hungary-the HUN-VE study. Clin Microbiol Infect. 2022 Mar;28(3):398-404. doi: 10.1016/j.cmi.2021.11.011. Epub 2021 Nov 25. PMID: 34838783; PMCID: PMC8612758.

    • Pham D, Polgar B, Toth T, Jungling A, Kovacs N, Balas I, Pal E, Szabo D, Fulop BD, Reglodi D, Szanto Z, Herczeg R, Gyenesei A, Tamas A. Examination of pituitary adenylate cyclase-activating polypeptide in Parkinson's disease focusing on correlations with motor symptoms. Geroscience. 2022 Apr;44(2):785-803. doi: 10.1007/s11357-022-00530-6. Epub 2022 Feb 26. PMID: 35220508; PMCID: PMC9135934.

    • Maasz A, Hadzsiev K, Ripszam R, Zsigmond A, Maka E, Knezy K, Lesch B, Nemeth A, Bene J, Galik B, Gyenesei A, Melegh B. TUBB4B gene mutation in Leber phenotype of congenital amaurosis syndrome associated with early-onset deafness. Eur J Med Genet. 2022 Apr;65(4):104471. doi: 10.1016/j.ejmg.2022.104471. Epub 2022 Feb 28. PMID: 35240325.

    • Komlósi K, Gyenesei A and Bene J (2022) Editorial: Copy Number Variation in Rare Disorders. Front. Genet. 13:898059. doi: 10.3389/fgene.2022.898059

    • Tompa, M.; Kraboth, Z.; Galik, B.; Kajtar, B.; Gyenesei, A.; Kalman, B. Epigenetic Suppression of the IL-7 Pathway in Progressive Glioblastoma. Biomedicines 2022, 10, 2174. https://doi.org/10.3390/ biomedicines10092174

    • Mutuku, C.; Melegh, S.; Kovacs, K.; Urban, P.; Virág, E.; Heninger, R.; Herczeg, R.; Sonnevend, Á.; Gyenesei, A.; Fekete, C.; et al. Characterization of β-Lactamases and Multidrug Resistance Mechanisms in Enterobacterales from Hospital Effluents and Wastewater Treatment Plant. Antibiotics 2022, 11, 776. https://doi.org/10.3390/ antibiotics11060776

    • Hegyi, Á.I.; Otto, M.; Geml, J.; Hegyi-Kaló, J.; Kun, J.; Gyenesei, A.; Pierneef, R.; Váczy, K.Z. Metatranscriptomic Analyses Reveal the Functional Role of Botrytis cinerea in Biochemical and Textural Changes during Noble Rot of Grapevines. J. Fungi 2022, 8, 378. https://doi.org/10.3390/jof8040378
    • Otto, M., Geml, J., Hegyi, Á. I., Hegyi-Kaló, J., Pierneef, R., Pogány, M., Kun, J., Gyenesei, A., Váczy, K. Z. Botrytis cinerea expression profile and metabolism differs between noble and grey rot of grapes. Food Microbiology, 2022, 104037. https://doi.org/10.1016/j.fm.2022.104037
    • Gervain J, Sz. Bartha K, B. Hodovánszky E, Kadlecsik L, Herczeg R, Gyenesei A, Simon J. : Monitoring of anti- SARS-CoV-2 IgG antibody immune responses in two cohorts of Hungarian healthcare workers following infection or immunization Orv Hetil. 2022; 163(12): 455–46
    • Takács-Lovász, K.; Kun, J.; Aczél, T.; Urbán, P.; Gyenesei, A.; Bölcskei, K.; Szőke, É.; Helyes, Z. PACAP-38 Induces Transcriptomic Changes in Rat Trigeminal Ganglion Cells Related to Neuroinflammation and Altered Mitochondrial Function Presumably via PAC1/VPAC2 Receptor-Independent MechanismInt. J. Mol. Sci. 202223, 2120. https://doi.org/10.3390/ijms23042120

    2021

    Publikációk

     

    • Zeghbib, S.; Somogyi, B.A.; Zana, B.; Kemenesi, G.; Herczeg, R.; Derrar, F.; Jakab, F. The Algerian Chapter of SARS-CoV-2 Pandemic: An Evolutionary, Genetic, and Epidemiological Prospect. Viruses 2021, 13, 1525. https://doi.org/10.3390/v13081525

    • Sawicka-Smiarowska,E.; Bondarczuk, K.; Bauer, W.; Niemira, M.; Szalkowska, A.; Raczkowska, J.; Kwasniewski, M.; Tarasiuk, E.; Dubatowka, M.; Lapinska, M.; et al. Gut Microbiome in Chronic Coronary Syndrome Patients. J. Clin. Med. 2021, 10,5074. https://doi.org/10.3390/ jcm10215074

    • Aczél, T., Körtési, T., Kun, J. et al. Identification of disease- and headache-specific mediators and pathways in migraine using blood transcriptomic and metabolomic analysis. J Headache Pain 22, 117 (2021). https://doi.org/10.1186/s10194-021-01285-9 

    • Bauer W.; Gyenesei A.; Krętowski A. : Review: The Multifactorial Progression from the Islet Autoimmunity to Type 1 Diabetes in Children. Int. J. Mol. Sci. 202122(14), 7493; doi:10.3390/ijms22147493

    • Schvarcz, C.A.; Danics, L.; Krenács, T.; Viana, P.; Béres, R.; Vancsik, T.; Nagy, Á.; Gyenesei, A.; Kun, J.; Fonović, M.; Vidmar, R.; et al.: Repeated Modulated Electro‐Hyperthermia Induces a Prominent Local Stress Response and Growth Inhibition in Triple Negative Mouse Breast Cancer Isografts. Cancers 2021, 13, 1744. https://doi.org/10.3390/ cancers13071744

    • Kraboth, Z.; Kajtár, B.; Gálik, B.; Gyenesei, A.; Miseta, A.; Kalman, B. Involvement of the Catecholamine Pathway in Glioblastoma Development. Cells 2021, 10, 549. https://doi.org/10.3390/cells10030549
    • Szabo, D.; Sarszegi, Z.; Polgar, B.; Saghy, É.; Nemeth, A.; Reglodi, D.; Makkos, A.; Gorbe, A.; Helyes, Z.; Ferdinandy, P.; et al.: PACAP-38 in Acute ST-Segment Elevation Myocardial Infarction in Humans and Pigs: A Translational Study, International Journal of Moecular  Sciences 2021, 22, 2883. https://doi.org/10.3390/ijms22062883
    • Gombos K., Gálik B.,Kalács K.I., Gödöny K., Várnagy Á., Bódis J., Alpár D., Gyenesei A., Kovács. L.G. : NGS-based pipeline for routine non-invasive pre-implantation genetic assessment in IVF,International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22, 2443    https://doi.org/10.3390/ijms22052443

    • Steffen PA, Altmutter C, Dworschak E, Junttila S, Gyenesei A, Zhu X, Kockmann T, Ringrose L.: The Trithorax group protein ASH1 requires a combination of BAH domain and AT hooks, but not the SET domain, for mitotic chromatin binding and survival. Chromosoma. 2021 Sep;130(2-3):215-234. doi: 10.1007/s00412-021-00762-z.
    • Garai K, Adam Z, Herczeg R, Banfai K, Gyebrovszki A, Gyenesei A, Pongracz JE, Wilhelm M, Kvell K.: Physical Activity as a Preventive Lifestyle Intervention Acts Through Specific Exosomal miRNA Species-Evidence From Human Short- and Long-Term Pilot Studies. Front Physiol. 2021 Aug 2;12:658218. doi: 10.3389/fphys.2021.658218
    • Tamás A, Tóth D, Pham D, Loibl C, Rendeki S, Csontos C, Rozanovic M, Bogár L, Polgár B, Németh J, Gyenesei A, Herczeg R, Szántó Z, Reglődi D.: Changes of pituitary adenylate cyclase activating polypeptide (PACAP) level in polytrauma patents in the early post-traumatic period. Peptides. 2021 Sep 1;146:170645. doi: 10.1016/j.peptides.2021.170645
    • Gombos K, Földi M, Kiss S, Herczeg R, Gyenesei A, Geiger L, Csabai D, Futács K, Nagy T, Miseta A, Somogyi BA, Hegyi P, Szentesi A.: Analysis of COVID-19-Related RT-qPCR Test Results in Hungary: Epidemiology, Diagnostics, and Clinical Outcome. Front. Med. 2021 Jan 26;7:625673. doi: 10.3389/fmed.2020.625673.
    • Tompa M, Kajtar B, Galik B, Gyenesei A, Kalman B.:  DNA methylation and protein expression of Wnt pathway markers in progressive glioblastoma. Pathol Res Pract. 2021 Apr 5;222:153429. doi: 10.1016/j.prp.2021.153429.
    • Balazs E, Galok-Olah Z, Galik B, Somogyvari F, Kalman J, Datki Zs. : External modulation of Rotimer exudate secretion in monogonantrotifers. Ecotoxicology and Environmental safety 220 Paper: 112399, 8p. (2021)
    • Bence Galik, Jonathan J.M. Landry, Joanna M. Kirkpatrick, Markus Hsi-Yang Fritz, Bianka Baying, Jonathon Blake, Bettina Haase, Paul G. Collier, Rajna Hercog, Dinko Pavlinic, Peggy Stolt-Bergner, Hüseyin Besir, Kim Remans, Attila Gyenesei, Vladimir Benes. Extensive OMICS resource for Sf21 and Tni cell lines. bioRxiv 2021.04.06.438574; doi: https://doi.org/10.1101/2021.04.06.438574
    • N Turić, M Temunović, I Szivák, R Herczeg, G Vignjević, Z Csabai: Importance of floodplains for water beetle diversity: a crucial habitat for the endangered beetle Graphoderus bilineatus in Southeastern Europe Biodiversity and Conservation 30 (6), 1781-1801
    • M Madai, G Horváth, R Herczeg, B Somogyi, B Zana, F Földes: Effectiveness Regarding Hantavirus Detection in Rodent Tissue Samples and Urine,Viruses 13 (4), 570
    • V Temesfői, R Herczeg, Z Lőcsei, K Sebestyén, Z Sebestyén, L Mangel: Should We Reconsider the Necessity of a Refinement of Prostate Cancer Risk Classification and Radiotherapy Treatment Strategy? Experiences from a Retrospective Analysis of Data. Journal of Clinical Medicine 10 (1), 110

    2020

    Publikációk

    • Gombos K., Földi M., Kiss Sz., Herczeg R., Gyenesei A., Geiger L., Csabai D., Futács K., Nagy T., Miseta A., Somogyi B.A., hegyi P., Szentesi A. : Analysis of COVID-19-related RT-qPCR test results in Hungary: Epidemology, dianostics and clinical outcome . Frontiers in Medicine, 2020

    • Kemenesi, G.; Zeghbib, S.; Somogyi, B.A.; Tóth, G.E.; Bányai, K.; Solymosi, N.; Szabo, P.M.; Szabó, I.; Bálint, Á.; Urbán, P.; Herczeg, R.; Gyenesei, A.; Nagy, Á.; Pereszlényi, C.I.; Babinszky, G.C.; Dudás, G.; Terhes, G.; Zöldi, V.; Lovas, R.; Tenczer, S.; Kornya, L.; Jakab, F.: Multiple SARS-CoV-2 Introductions Shaped the Early Outbreak in Central Eastern Europe: Comparing Hungarian Data to a Worldwide Sequence Data-Matrix. Viruses 2020, 12, 1401.

    • Gombos K, Herczeg R, Erőss B, Kovács S Zs, Uzzoli A, Nagy T, Kiss Sz, Szakács Zs, Imrei M, Szentesi A, Nagy A, Fábián A, Hegyi P, Gyenesei A : Translating Scientific Knowledge to Government Decision Makers Has Crucial Importance in the Management of the COVID-19 Pandemic. Population Health Management 2020 SEP 2 doi: 10.1089/pop.2020.0159

    • Kecskés A, Pohóczky  K, Kecskés  M, , Varga  V.Z, Kormos V, Szőke É, Henn-Mike N, Fehér M, Kun J, Gyenesei A, Renner É, Palkovits M, Ferdinandy P, Ámrahám M. I, Gaszner B, Helyes Zs: Characterization of Neurons Expressing the Novel Analgesic Drug Target Somatostatin Receptor 4 in Mouse and Human Brains. International Journal of Molecular Sciences, 202021(20), 7788; https://doi.org/10.3390/ijms21207788 

    • Salgado D, Armean IM, Baudis M et al.:  The ELIXIR Human Copy Number Variations Community: building bioinformatics infrastructure for research [version 1; peer review: awaiting peer review]. F1000Research 2020, 9(ELIXIR):1229 (https://doi.org/10.12688/f1000research.24887.1)

    • Krabóth Z., Gálik B.,Tompa M., Kajtár B., Urbán P., Gyenesei, A., Miseta, A., Kálmán, B. : DNA CpG methylation in sequential glioblastoma specimens. Journal of Cancer Research and Clinical Oncology 2020 Aug 10. https://doi.org/10.1007/s00432-020-03349-w

    • Gángó A, Alpár D, Galik B, Marosvári D, Kiss R, Fésüs V, Aczél D, Eyüpoglu E, Nagy N, Nagy Á, Krizsán S, Reiniger L, Farkas P, Kozma A, Ádám E, Tasnády S, Réti M, Matolcsy A, Gyenesei A, Mátrai Z, Bödör C. : Dissection of subclonal evolution by temporal mutation profiling in chronic lymphocytic leukemia patients treated with ibrutinib. Int J Cancer. 2020 Jan 1;146(1):85-93. doi: 10.1002/ijc.32502.
    • Montgomery SA, Tanizawa Y, Galik B, Wang N, Ito T, Mochizuki T, Akimcheva S, Bowman JL, Cognat V, Maréchal-Drouard L, Ekker H, Hong SF, Kohchi T, Lin SS, Liu LD, Nakamura Y, Valeeva LR, Shakirov EV, Shippen DE, Wei WL, Yagura M, Yamaoka S, Yamato KT, Liu C, Berger F. :Chromatin Organization in Early Land Plants Reveals an Ancestral Association between H3K27me3, Transposons, and Constitutive Heterochromatin. Current Biology 2020 Feb 24;30(4):573-588.e7. doi: 10.1016/j.cub.2019.12.015. 
    • Bödör C, Alpár D, Marosvári D, Galik B, Rajnai H, Bátai B, Nagy Á, Kajtár B, Burján A, Deák B, Schneider T, Alizadeh H, Matolcsy A, Brandner S, Storhoff J, Chen N, Liu M, Ghali N, Csala I, Bagó AG, Gyenesei A, Reiniger L. : Molecular Subtypes and Genomic Profile of Primary Central Nervous System Lymphoma. Journal of Neuropathology & Experimental Neurology 2020 Feb 1;79(2):176-183. doi:10.1093/jnen/nlz125.
    • Csepregi R, Temesfői V, Das S, Alberti Á, Tóth CA, Herczeg R, Papp N, Kőszegi T. :Cytotoxic, Antimicrobial, Antioxidant Properties and Effects on Cell Migration of Phenolic Compounds of Selected Transylvanian Medicinal Plants. Antioxidants (Basel). 2020 Feb 18;9(2):166. doi: 10.3390/antiox9020166. 
    • Paczkowska-Abdulsalam M, Niemira M, Bielska A, Szałkowska A, Raczkowska BA, Junttila S, Gyenesei A, Adamska-Patruno E, Maliszewska K, Citko A, Szczerbiński Ł, Krętowski A. : Evaluation of Transcriptomic Regulations behind Metabolic Syndrome in Obese and Lean Subjects. International Journal of Molecular Sciences 2020 Feb 20;21(4):1455. doi:10.3390/ijms21041455.
    • Fodor, István ; Zrinyi, Zita ; Urbán, Péter ; Herczeg, Robert ; Büki, Gergely ; M. Koene, Joris ; Tsai, Pei-San ; Pirger, Zsolt: Identification, presence, and possible multifunctional regulatory role of invertebrate gonadotropin-releasing hormone/corazonin molecule in the great pond snail (Lymnaea stagnalis)2020 doi: 10.1101/2020.03.01.971697
    • Madai M, Németh V, Oldal M, Horváth G, Herczeg R, Kelemen K, Kemenesi G, Jakab F. :Temporal Dynamics of Two Pathogenic Hantaviruses Among Rodents in Hungary. Vector-Borne and Zoonotic Diseases. 2020 Mar;20(3):212-221. doi: 10.1089/vbz.2019.2438.
    • Aczél T, Kecskés A, Kun J, Szenthe K, Bánáti F, Szathmary S, Herczeg R, Urbán P, Gyenesei A, Gaszner B, Helyes Z, Bölcskei K. : Hemokinin-1 Gene Expression Is Upregulated in Trigeminal Ganglia in an Inflammatory Orofacial Pain Model: Potential Role in Peripheral Sensitization. International Journal of Molecular Sciences 2020 Apr 22;21(8):2938. doi: 10.3390/ijms21082938. 
    • Papp H, Zeghbib S, Földes F, Banfai K, Madai M, Kemenesi G, Urbán P, Kvell K, Jakab F. :Crimean-Congo hemorrhagic fever virus infection triggers the upregulation of the Wnt signaling pathway inhibitor genes. Virus Genes 2020 Apr 25. doi: 10.1007/s11262-020-01759-z. 
    • Friston D, Junttila S, Lemes JBP, Laycock H, Torres-Perez JV, Want E, Gyenesei A, Nagy I.:  Leptin and fractalkine: novel subcutaneous cytokines in burn injury. Disease Models & Mechanisms 2020 Apr 29;13(4):dmm042713. doi: 10.1242/dmm.042713.
    • Kemenesi G, Kornya L, Tóth GE, Kurucz K, Zeghbib S, Somogyi BA, Zöldi V, Urbán P, Herczeg R, Jakab F. :Nursing homes and the elderly regarding the COVID-19 pandemic: situation report from Hungary. Geroscience. 2020 May 18:1-7. doi: 10.1007/s11357-020-00195-z. 
    • Fodor I, Urbán P, Kemenes G, Koene JM, Pirger Z. :Aging and disease-relevant gene products in the neuronal transcriptome of the great pond snail (Lymnaea stagnalis): a potential model of aging, age-related memory loss, and neurodegenerative diseases. Invertebrate Neuroscience 2020 May 24;20(3):9. doi: 10.1007/s10158-020-00242-6. 
    • Bodis J, Gödöny K, Várnagy Á, Kovács K, Koppán M, Nagy B, Erostyák J, Herczeg R, Szekeres-Barthó J, Gyenesei A, Kovács GL.:  How to reduce the potential harmful effects of light on blastocyst development during IVF. Medical Principles and Practice 2020 May 29. doi: 10.1159/000509016. 
    • Alm E, Broberg EK, Connor T, Hodcroft EB, Komissarov AB, Maurer-Stroh S, Melidou A, Neher RA, O'Toole Á, Pereyaslov D; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group; WHO European Region sequencing laboratories and GISAID EpiCoV group. Geographical and temporal distribution of SARS-CoV-2 clades in the WHO European Region, January to June 2020. Euro Surveill. 2020 Aug;25(32):2001410. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.32.2001410.
    • Balazs E., Galik-Olah Z, Galik B, Bozso Z, Kalman J, Datki Z: Neurodegeneration-related beta-amyloid as autocatabolism-attenuator in micro-in vivo system. IBRO Reports 9 pp. 319-323, 5 p. (2020)
    • Gál R, Deres L, Horváth O, Erős K, Sándor B, Urbán P, Soós Sz, Marton Zs, Sümegi B, Tóth K et al: Resveratrol Improves Heart Function by Moderating Inflammatory Processes in Patients with Systolic Heart Failure. Antioxidants 9: 11 Paper: 1108, 19 p (2020)
    • Fodor I, Urbán P, Scott A. P, Pirger Zs : A critical evaluation of some of the recent so-called ‘evidence’ for the involvement of vertebrate-type sex steroids in the reproduction of mollusks. Molecular and cellular endocrinology 516, paper: 110949, 10p (2020)
    • Fodor I, Svigruha R, Molnar E, Urbán P, Joris M. K., Pirger Zs: Progesztogének indukálta hatások a nagy mocsári csiga (Lymnaea stagnalis) neuroendokrin és reprodukciós rendszerében. Ökotoxikológia 2: 2 pp. 9-10, 2 p. (2020)

    2019

    Publikációk

    • Marik T, Tyagi C, Balázs D, Urbán P, Szepesi Á, Bakacsy L, Endre G, Rakk D, Szekeres A, Andersson M A, Salonen H, Druzhinina I S, Vágvölgyi Cs, Kredics L. Structural Diversity and Bioactivities of Peptaibol Compounds From the Longibrachiatum Clade of the Filamentous Fungal Genus Trichoderma. Frontiers in Microbiology, 2019. Accepted for publication. Doi: 10.3389/fmicb.2019.01434. IF: 4.26
    • Garai K, Ádam Z, Herczeg R, Katai E, Nagy T, Pál Sz., Gyenesei A, Pongracz J, Wilhelm M, Kvell K. Artificial neural network correlation and biostatistics evaluation of physiological and molecular parameters in healthy young individuals performing regular exercise. Frontiers in Physiology, 2019. Accepted for publication. IF: 3.2
    • Péterfalvi A, Németh N, Herczeg R, Tényi T, Miseta A, Czéh B, Simon M. Examining the Influence of Early Life Stress on Serum Lipid Profiles and Cognitive Functioning in Depressed Patients. Frontiers in Psychology 2019. Accepted for publication. https://doi.org/10.3389/fpsyg.2019.01798, IF: 2.13
    • Péterfalvi A, Németh N, Herczeg R, Tényi T, Miseta A, Czéh B., Simon M.: Early childhood adversity and serum lipid profiles in major depression: Correlation with cognitive functions. Clinica Chimita Acta 2019 493 pp. S606-S606
    • Macsai L, Olah Z, Bush AI, Galik B, Onody R, Kalman J, Datki Z. :Redox Modulating Factors Affect Longevity Regulation in Rotifers.  The Journals of Gerontology Series A Biological Sciences and Medical Sciences 2019 May 16;74(6):811-814. doi: 10.1093/gerona/gly193. 
    • Gángó A*, Alpár D*, Gálik B*, Marosvári D, Kiss R, Fésüs V, Aczél D, Eyüpoglu E, Nagy N, Nagy Á, Krizsán S, Reiniger L, Farkas P, Kozma A, Ádám E, Tasnády S, Réti M, Matolcsy A, Gyenesei A, Mátrai Z, Bödör C. Dissection of Subclonal Evolution by Temporal Mutation Profiling in Chronic Lymphocytic Leukemia Patients Treated With Ibrutinib. International Journal of Cancer 2019 Jun 10. Doi: 10.1002/ijc.32502. IF: 7.36
    • Bauer W, Veijola R, Lempainen J, Kiviniemi M, Härkönen T, Toppari J, Knip M, Gyenesei A*, Ilonen J*. Age at Seroconversion, HLA Genotype and Specificity of Autoantibodies in Progression of Islet Autoimmunity in Childhood. Journal of Clinical Endocrinology & Metabolism 2019 May 23. pii: jc.2019-00421. doi: 10.1210/jc.2019-00421. IF: 5.79
    • Zana B, Geiger L, Kepner A, Földes F, Urbán P, Herczeg R, Kemenesi G, Jakab F. First molecular detection of Apis mellifera filamentous virus in honey bees ( Apis mellifera ) in Hungary, Acta Veterinaria 2019, 67:1 pp. 151-157. IF: 1.04
    • Montskó, G ; Gödöny, K ; Herczeg, R ; Várnagy, Á ; Bódis, J ; Kovács, GL Alpha-1 chain of human haptoglobin as viability marker of in vitro fertilized human embryos: information beyond morphology. System Biology in Reproductive Medicine 2019, 65: 2 pp. 174-180, IF: 1.58
    • Datki Z, Galik-Olah Z, Bohar Z, Zadori D, Fulop F, Szatmari I, Galik B, Kalman J, Vecsei L. : Kynurenic Acid and Its Analogs Are Beneficial Physiologic Attenuators in Bdelloid Rotifers. Molecules. 2019 Jun 10;24(11):2171. doi.:10.3390/molecules24112171. 
    • Aczél T, Kun J, Szőke É, Rauch T, Junttila S, Gyenesei A, Bölcskei K, Helyes Zs. Transcriptional Alterations in the Trigeminal Ganglia, Nucleus and Peripheral Blood Mononuclear Cells in a Rat Orofacial Pain Model. Frontiers in Molecular Neuroscience 2018. Doi: 10.3389/fnmol.2018.00219. IF: 3.90
    • Zana B, Kemenesi G, Buzás D, Csorba G, Görföl T, Khan FAA, Tahir NFDA,Zeghbib S, Madai M, Papp H, Földes F, Urbán P, Herczeg R, Tóth GE, Jakab F.: Molecular Identification of a Novel Hantavirus in Malaysian Bronze Tube-Nosed Bats (Murina aenea) Viruses. 2019 Sep 21;11(10):887. doi:10.3390/v11100887. 
    • Földes F, Madai M, Németh V, Zana B, Papp H, Kemenesi G, Bock-Marquette I,Horváth G, Herczeg R, Jakab F. : Serologic survey of the Crimean-Congo haemorrhagic fever virus infection among wild rodents in Hungary. Ticks Tick-borne Diseases. 2019 Oct;10(6):101258. doi: 10.1016/j.ttbdis.2019.07.002.
    • Zeghbib S, Herczeg R, Kemenesi G, Zana B, Kurucz K, Urbán P, Madai M, Földes F, Papp H, Somogyi B, Jakab F.: Genetic characterization of a novel picornavirus in Algerian bats: co-evolution analysis of bat-related picornaviruses. Scientific Reports 2019 Oct 31;9(1):15706. doi: 10.1038/s41598-019-52209-2.
    • Bödör C, Alpár D, Marosvári D, Galik B, Rajnai H, Bátai B, Nagy Á, Kajtár B, Burján A, Deák B, Schneider T, Alizadeh H, Matolcsy A, Brandner S, Storhoff J, Chen N, Liu M, Ghali N, Csala I, Bagó AG, Gyenesei A, Reiniger L. Molecular Subtypes and Genomic Profile of Primary Central Nervous System Lymphoma. J Neuropathol Exp Neurol. 2019 Nov 28. doi: 10.1093/jnen/nlz125. 
    • Rosser J, Bachmann B, Jordan C, Ribitsch I, Haltmayer E, Gueltekin S, Junttila S, Galik B, Gyenesei A, Haddadi B, Harasek M, Egerbacher M, Ertl P, Jenner F. Microfluidic nutrient gradient-based three-dimensional chondrocyte culture-on-a-chip as an in vitro equine arthritis model. Materials To Mater Today Bio. day Bio. 2019; 4:100023. doi: 10.1016/j.mtbio.2019.100023.
    KAPCSOLAT
    Dr. Gyenesei Attila
    Core Facility Vezető
     
    LETÖLTÉSEK
    LINKEK
    Facebook

    2023

    • Charkiewicz, R.; Sulewska, A.; Mroz, R.; Charkiewicz, A.; Naumnik, W.; Kraska, M.; Gyenesei, A.; Galik, B.; Junttila, S.; Miskiewicz, B.; et al. Serum Insights: Leveraging the Power of miRNA Profiling as an Early Diagnostic Tool for Non-Small Cell Lung Cancer. Cancers 2023, 15, 4910.
    magyar

    2022

     

    • Neparáczki E, Kis L, Maróti Z, Kovács B, Varga GIB, Makoldi M, Horolma P, Éva Teiszler, Tihanyi B, Nagy PL, Maár K, Gyenesei A, Schütz O, Dudás E, Török T, Pascuttini-Juraga V, Peharda I, Vizi LT, Horváth-Lugossy G, Kásler M.: The genetic legacy of the Hunyadi descendants . Heliyon. 2022 Nov 17;8(11):e11731. doi: 10.1016/j.heliyon.2022.e11731 

    magyar

    Oldalak

    Feliratkozás RSS - Magyar Genomika és Bioinformatika Központ csatornájára